基因工程产品的生产应建立三级菌种库，即原始菌种库、主代菌种库和工作菌种库。含表达载体的宿主细胞经克隆、鉴定后，冷冻干燥放低温或冷冻保存，建立原始菌种库。原始菌种库要求无污染、遗传稳定、质粒稳定、表达稳定、结构稳定，有效期5～10年。从原始菌种库传出，经扩大后冻干保存，作为主代菌种库，但每次只限传3代，有效期5年。从主代菌种库传出，经扩大后制备成甘油菌，放-80℃保存，有效期1年。主代种子批和工作种子批菌种均应进行相应的生化反应、质粒检查、核苷酸序列测定等检定。菌种检测合格入库保藏时要进行入库登记，包括菌种编号、入库时间、保护剂、保藏份数等。菌种发放也应建立出库登记，包括出库时间、目的、数量等，并签名。入库后的菌种应由专人进行定期检查复核及转管，发现有污染或退化迹象时，要及时分离纯化、复壮，每次检查要有详细记录。不同类别的菌种和不同方法保藏的菌种的转管周期不同。转管时最好选用两种以上培养基观察培养特征，以备下次转管时参考。