探针检查的目的在于弄清瘘管的行径、长短、深浅与肛门括约肌的关系及内口的位置等。此法虽重要，但因穿插管道容易引起疼痛，患者有时不愿意接受，因此，在检查前应充分说明其重要性，取得患者合作。或者将探针检查用于麻醉后术中探查瘘道时。检查时将戴有指套的食指沾润滑剂伸入肛管，触于内口处，然后取粗细适宜的探针，一般使用银质或铝合金球头棒状探针，使用时，参照肛门视触诊情况，将探针插入管道，如果管道弯曲，可将探针弯成一定弧度，探入时将探针端指向肛门中心。动作尽可能细致轻柔，切忌粗暴，以防造成假道或者人工内口，一般以患者不觉得剧痛，不出血为准。操作中若探针进入受阻，可能是方向错误，可以旋转角度，调整方向后再探，若仍然不能探入，可能是管道狭窄或闭锁，不可强行进入，以免造成假道。对于复杂性肛瘘，可以同时插入几根探针，探查各管道是否相通和内口部位是否在同处。

近年来，有报道使用圆头塑料空心探针用于肛瘘的探查。圆头塑料空心探针作为一种新型瘘道探查工具，其特点在于既能进行一般的探针检查，又可通过中空的管腔向瘘道内注入亚甲蓝以染色定位。圆头塑料空心探针减少了圆头探针的盲目性，也减少了亚甲蓝注射液不易找出内口的缺点，有较好的疗效。